医教协同培养临床医师是新一轮医学教育改革的着力点。近年来，南京中医药大学秉承“早临床、多临床、反复临床”理念，全面实施临床课程一体化教学，在16家附属医院建设有床边教学点与临床技能训练分中心。

　　学校在协同育人理念的指导下，坚持理论教学与临床实践相结合、院校规模教育与临床师承教育相结合，以临床基地医疗优势为依托，现已构建起较为成熟的医教协同教学管理体系和运行机制，探索建立了理论与实践教学一体化、临床课程与临床实习一体化、科室轮转与名师传承一体化的“三化式”教学运行方式，人才培养质量得到了显著提高。

　　学校对各附属医院开放教育教学类研究课题招标范围，实施《临床实习准入制度》；组织各附属医院编制实施了《中医学专业本科毕业实习管理标准化方案》，并将第一课堂与第二课堂相结合，实施素质拓展“八个一”工程，按计划对各附属医院进行临床课程师资脱产培训；在师资培训的基础上构建了全省“大教研室”并常年开展省级教研活动；按年度举办附属医院实习生临床竞赛和教师授课竞赛。 2016年作为首批试点中医院校之一，参与国家中医执业医师分阶段考试实证研究。